纵横FLCS603分为图书采访子系统、编目子系统、流通子系统、典藏子系统、期刊子系统、阅览管理子系统、论文管理子系统、非书资料管理子系统等十部分，系统各部分既相互独立，又能进行各部分之间的数据调用。
该系统提供了丰富的数据接口功能，可以实现系统数据与MARC数据的相互转换，也可以将系统数据转换为相应的文本数据，以供字处理软件如WORD、条形码打印软件如EZ2等调用。该系统还具有联合编目功能，可将本地或外地其他系统数据转换为本系统数据，并能通过倒排文档对其进行多途径、高速检索。另外，系统可以由用户进行功能设置，根据各馆实际情况灵活设置系统参数。系统帮助则是对本系统的详细介绍及问题解答，帮助初学者迅速掌握并能够实际应用。
下面对各子系统的主要功能做一个简单的介绍。
1、 图书采访子系统：定单录入、数据修改、查询查重、打印订单、采访统计、超期书查询、图书验收、到书验收、采访主库维护、书商管理。
2、 图书编目子系统：图书编目、录入库数据修改、查询查重、检查登录号排序、检查种次号排序、编目统计、打印著录卡片、打印图书财产账、打印分类财产账、打印书标、打印新书通报、加载所购MARC数据、向联合编目追加数据、FLCS603书目数据转换、数据交送、系统维护。
3、 图书流通子系统：图书借还、借阅分类统计、借阅明细统计、图书续借、预约登计、预约取消、预约借书、预约查询、打印预约到书单、流通借阅情况查询、超期读者查询、借阅频率查询、借阅历史查询、罚款登记、查询罚款情况、罚款统计、书证办理、读者数据修改、打印借阅证、书证挂失、取消资格、销证、交款与退款、财务统计、打印办证清单、打印销证清单、打印现金明细账、打印读者期满单、系统维护。
4、 图书典藏子系统：入藏登记、藏书分类统计、打印馆藏登记账、图书剔旧、打印剔旧清单、馆藏部门维护。
5、 期刊管理子系统：期刊增订、期刊停订、订购数据修改、打印订购清单、现刊记到、现刊数据修改、打印缺期催询单、打印装订通知单、期刊下架、打印装订送货单、过刊验收编目、过刊数据修改、打印过刊著录卡片、打印过刊财产账、期刊统计、系统维护。
6、 阅览管理子系统：读者到馆出馆登记、在馆读者查询、到馆读者历史查询、到馆读者统计，书刊借阅，读者阅览借阅查询、统计，馆藏部门设置。
7、 论文管理子系统：数据录入、数据修改、数据浏览、全文数据检索。
8、 非书资料管理子系统：非书资料编目、数据修改、查询查重、检查打印、统计、数据维护等。