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第一类：益生菌。如用于治疗肥胖和糖尿病的粘蛋白菌（A.muciniphila是2004年从人类粪便样品中分离得到的一种肠道细菌），基于黏蛋白菌是维持肠道黏膜屏障的关键微生物，而在肥胖、2 型糖尿病和高血压患者中该细菌被耗尽，接受益生菌3个月的肥胖患者表现出胰岛素敏感性的改善和胆固醇的降低。普拉梭菌（F. prausnitzii ）和布拉迪链球菌（S. boulardii）用于治疗炎症性肠病，2020年发现的玫瑰单胞菌（R. mucosa）用于治疗皮炎，乳杆菌 CTV -05（L. crispatus CTV-05）治疗尿路感染等。第二类：益生元。低聚半乳糖（GOS）和低聚果糖（FOS）混合物可用于治疗特应性皮炎，接受GOS和FOS的患者显示双歧杆菌扩张生长，从而特应性皮炎发病率降低，低聚糖还可以治疗克罗恩病和菊粉凝胶结直肠癌。 第三类：靶向抗生素。利地尼唑用于艰难梭菌感染，作用机制是高特异性地结合于艰难梭菌DNA。工程内切酶PM-447 （engineered endolysin PM-447），用于治疗加德纳瑞拉菌感染（Gardnerellainfection）。第四类：噬菌体。噬菌体治疗酒精性肝炎，基于粪肠杆菌产生的溶细胞素可以引起酒精性肝炎患者的肝损伤，而噬菌体可抑制粪埃克氏杆菌。具核梭杆菌被证实了会诱导促炎症反应和致癌活动，促进结直肠癌生长，针对该细菌的噬菌体可预防和治疗结直肠癌。第五类：酶抑制剂。酶抑制剂。如肠道菌β-葡萄糖醛酸酶可将治疗结肠癌药物伊立替康转化为有毒的SN-38, β-葡萄糖醛酸酶选择性抑制剂既不杀伤细菌也不伤害人体正常细胞，同时可以降低药物的毒性代谢产物。动物实验显示该抑制剂可以有效地降低伊立替康的毒性，有望成为减轻药物毒副作用的新途径。第六类：工程微生物。如工程化EcN被设计用于将氨转化为l-精氨酸，以促进尿素循环，用于治疗高氨血症。第七类：天然微生物群。“粪菌移植”（肠道菌群移植, FMT）是将健康人粪便中的功能菌群,移植到患者胃肠道内而重建新的肠道菌群,实现肠道及肠道外疾病的治疗。第八类：合成微生物群。如GUT-108是11 种细菌菌株的联盟，用于治疗结肠炎，其机制是其可以替代炎症性肠病（IBD）患者某些被降低的功能。 |